基于對生產成本和系統潔凈效果以及穩定性的考慮，現代生物工程行業的百級潔凈層流區域的建設基本上是由FFU層流罩來建造的。而傳統的層流罩，存在著一系列的質量缺陷，早已退出了潔凈系統的市場。
一個風機潔凈系統與FFU層流罩比較有以下不足：
1、產生層流方面。一個風機送風，由于過濾器與風機存在的一定的距離，其出風面的的風速會有很大差異，所產生的氣流很難達到層流。而百級區域要求氣流嚴格按照層流方向流動，所以這種方法很難使系統達到完美的百級和層流效果。
2、風機方面。整個系統只有一臺風機，這對風機的要求非常高!一旦風機出故障，整個系統就會陷入癱瘓無法運行，此時必須停產檢修。這對于正在生產旺
季的廠家來說，會造成一筆巨大的損失!整個潔凈系統的投入是無法于這種損失相比較的。而百級潔凈區對風機的這種高要求，幾乎無法保證風機的可靠性，出問題
是無法避免的。
3、壽命方面。系統中的過濾器只能采用壓塊式安裝，再加上不穩定的風速和壓力的影響，傳統的安裝方式會大大降低高效過濾器的壽命。對于系統的維護和成本的投入是不利的。
4、密封性方面。無論是箱體中的中效還是末端的高效，由于固定方式的局限，很容易產生泄漏。氣流的泄漏是沒有辦法彌補的，對于整個系統來說是一個致命的缺陷，將直接影響到保持系統的潔凈度，廠家生產會增加生產成本。而一旦產生泄漏，在系統中安裝壓差表是沒有任何意義的。
5、噪聲方面。由于風機的高強度運轉，噪聲非常大，最高可達到上百分貝，影響生產環境和工人工作，甚至會危害到工人身體，這對于人是第一生產力企業來說，無疑是一個不容忽視的問題。
6、維護方面。高效過濾器采用壓塊式固定方式，而箱體內過濾器為保證其密封性，其更換并不容易，而為保護高效又不得不時常更換，所以維護起來并不象想象中那么簡單。
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